เมื่อต้นเดือนมกราคม ค.ศ. 1642 ไม่กี่วันหลังจากที่พระเจ้าชาลส์ทรงบุกเข้าไปในรัฐสภาเพื่อจะจับกุมสมาชิกห้าคนในสภาสามัญชนแต่ไม่สำเร็จ พระองค์ก็ไม่ทรงมีความรู้สึกปลอดภัยที่จะประทับในลอนดอนอยู่ต่อไป พระองค์จึงเสด็จหนีออกจากลอนดอน แต่ระหว่างนั้นจนตลอดหน้าร้อนก็ยังมีการต่อรองระหว่างรัฐสภายาวกับพระองค์เพื่อหาทางประนีประนอมแต่ก็ไม่ประสบผลสำเร็จแต่อย่างใด บ้านเมืองในขณะนั้นก็แตกแยกกันเป็นฝักฝ่าย เช่นเมืองพอร์ทสมัธภายใต้การนำของเซอร์จอร์จ กอริง ลอร์ดกอริงประกาศเข้าข้างพระเจ้าชาลส์ แต่เมื่อทรงพยายามรวบรวมอาวุธจากคิงสตันอัพพอนฮัลล์ (Kingston upon Hull) ที่เป็นคลังอาวุธที่ใช้ในการรณรงค์ต่อต้านสกอตแลนด์ก่อนหน้านั้น เซอร์จอห์น ฮ็อทแฮม บารอนเน็ทที่ 1 ข้าหลวงฝ่ายทหารที่ไดัรับแต่งตั้งโดยรัฐสภาในเดือนมกราคมก็ไม่ยอมให้พระเจ้าชาลส์เข้าเมือง พระองค์ก็เสด็จกลับมาพร้อมกับกองทหารเพิ่มเติมแต่ก็ไม่ทรงสามารถเข้าเมืองฮัลล์ได้ (การล้อมเมืองฮัลล์ (Siege of Hull (1642)) พระเจ้าชาลส์จึงทรงออกหมายจับฮ็อทแฮมในข้อหากบฏแต่ก็ไม่ทรงสามารถบังคับใช้ได้ ตลอดหน้าร้อนความตึงเครียดก็เพิ่มมากระหว่างพระเจ้าชาลส์และรัฐสภาก็เพิ่มมากขึ้นทุกที และการปะทะกันกระเส็นกระสายก็เริ่มเกิดขึ้นทั่วไปแต่การเสียชีวิตเกิดขึ้นที่ครั้งแรกแมนเชสเตอร์[7]

เมื่อความขัดแย้งเริ่มขึ้นบรรยากาศส่วนใหญ่ทั่วๆ ไปในประเทศก็เป็นกลาง แม้ว่าราชนาวีอังกฤษและเมืองใหญ่จะมีแนวโน้มที่จะเข้าข้างรัฐสภาก็ตาม ส่วนการสนับสนุนของพระเจ้าชาลส์ส่วนใหญ่มาจากชุมชนในชนบท นักประวัติศาสตร์ประมาณว่าทั้งสองฝ่ายขณะนั้นมีกองกำลังรวมกันเพียงประมาณ 15,000 คน แต่เมื่อสงครามขยายตัวเพิ่มขึ้น ความกระทบกระเทือนก็มีผลต่อสังคมทุกระดับ ชุมชนบางชุมชนก็พยายามรักษาตัวเป็นกลาง บ้างก็ก่อตั้งกองคลับเม็น (Clubmen) เพื่อป้องกันชุมชนในท้องถิ่นจากการเอาประโยชน์จากกองทหารของทั้งฝ่ายนิยมกษัตริย์และฝ่ายรัฐสภา แต่ส่วนใหญ่พบว่าไม่สามารถต่อต้านกำลังของทั้งสองฝ่ายได้

หลังจากความล้มเหลวที่ฮัลล์แล้วพระเจ้าชาลส์ก็เสด็จต่อไปยังน็อตติงแฮมและทรง “ยกธง” (raise the royal standard) หรือประกาศสงครามต่อฝ่ายรัฐสภาเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม ค.ศ.1642 ในขณะนั้นทรงมีกองทหาม้าราว 2,000 คนและทหารราบยอร์คเชอร์อีกบ้าง ในการรวบรวมกองพลพระองค์ทรงรื้อฟื้นกฎหมายโบราณที่เรียกว่า “พระราชกฤษฎีการะดมไพร่พล” ที่เป็นพระราชกฤษฎีกาที่มอบอำนาจให้พระเจ้าแผ่นดินในการมีสิทธิเรียกเกณฑ์ทหารในการทำสงครามได้ ผู้สนับสนุนพระองค์ก็เริ่มรวบรวมกองทัพที่มีจำนวนมากขึ้นในอาณาบริเวณที่ทรง “ยกธง” หลังจากนั้นพระองค์ก็ทรงย้ายไปทางตะวันออกเฉียงใต้ เริ่มด้วยสตาฟฟอร์ด (Stafford) และต่อมาไปยังชรูสบรี (Shrewsbury) เพราะทรงได้รับการสนับสนุนอย่างแน่นหนาในบริเวณหุบเขาเซเวิร์นและทางตอนเหนือของเวลส์[8] ขณะที่เสด็จผ่านเวลลิงตันในชร็อพเชอร์พระองค์ก็มีพระราชประกาศเจตนาที่มารู้จักกันว่า “พระราชประกาศเวลลิงตัน” (Wellington Declaration) ซึ่งเป็นการทรงแถลงอุดมการณ์ว่าในการต่อสู้ครั้งนี้พระองค์จะทรงพิทักษ์ “ศาสนาโปรเตสแตนต์, กฎหมายอังกฤษ และเสรีภาพของรัฐสภา”

ในขณะเดียวกันทางฝ่ายรัฐสภาก็ไม่ได้อยู่นิ่งเฉยระหว่างก่อนหน้าที่จะเกิดสงคราม โดยสร้างเสริมเมืองที่เป็นจุดสำคัญทางยุทธศาสตร์ และในเมืองเหล่านั้นก็แต่งตั้งผู้สนับสนุนนโยบายของฝ่ายรัฐสภาเป็นผู้บริหาร ภายในวันที่ 9 มิถุนายนทางฝ่ายรัฐสภาก็สามารถรวบรวมกำลังพลอาสาสมัครได้ถึง 10,000 คนและแต่งตั้งให้โรเบิร์ต เดเวอโรซ์ เอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ที่ 3 เป็นผู้บังคับบัญชา สามวันต่อมา “Lords Lieutenant” ผู้ได้รับการแต่งตั้งโดยรัฐสภาใช้อำนาจที่ได้รับจากกฤษฎีการะดมทหารอาสาสมัคร ในการเกณฑ์ทหารเข้าร่วมในกองทัพของเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์[9]

สองอาทิตย์หลังจากที่พระเจ้าชาลส์ก็ทรงประกาศสงครามที่น็อตติงแฮม เอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ก็นำกองทัพขึ้นไปยังนอร์ทแธมตัน (Northampton) โดยได้ผู้สนับสนุนเพิ่มขึ้นระหว่างทาง (รวมทั้งกองทหารม้าจากเคมบริดจ์เชอร์ที่รวบรวมและบังคับบัญชาโดยโอลิเวอร์ ครอมเวลล์) ภายในกลางเดือนกันยายนกองกำลังของเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ก็เพิ่มขึ้นเป็น 25, 200 คนโดยเป็นทหารราบเสีย 21,000 คนและทหารม้าอีก 4200 คน เมื่อวันที่ 14 กันยายนเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ก็ย้ายกองทัพไปโคเวนทริและต่อไปยังทางเหนือของค็อตสวอลด์ส (Cotswolds) จุดที่เป็นที่ตั้งทัพเป็นตำแหน่งที่อยู่ระหว่างฝ่ายกษัตริย์นิยมด้านหนึ่งและลอนดอนอีกด้านหนึ่ง

ขณะนั้นกองทหารของทั้งสองฝ่ายก็มีจำนวนรวมกันเป็นหมื่นและมีวูสเตอร์เชอร์เท่านั้นที่ขวางกลางระหว่างสองกองทัพ ซึ่งทำให้ไม่สามารถที่จะหลีกเลี่ยงในการประจันหน้ากันได้ การต่อสู้ครั้งแรกของสงครามกลางเมืองเริ่มด้วยกองทหารม้าหนึ่งพันคนนำโดยเจ้าชายรูเปิร์ตแห่งไรน์พระนัดดาของพระเจ้าชาลส์จากเยอรมนีเป็นฝ่ายจู่โจมและได้รับชัยชนะต่อกองทหารม้าของฝ่ายรัฐสภาภายใต้การนำของนายพันจอห์น บราวน์ในยุทธการเพาวิคบริดจ์ที่สะพานข้ามแม่น้ำทีม (River Teme) ไม่ไกลจากวูสเตอร์[10]

หลังจากนั้นเจ้าชายรูเปิร์ตก็ถอยกลับไปชรูสบรี ที่ชรูสบรีสภาสงครามโต้แย้งกันถึงนโยบายสองนโยบายในการที่จะดำเนินการสงครามต่อไป นโยบายแรกคือการเดินทัพเข้าหาที่ตั้งใหม่ของกองทัพของเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ใกล้วูสเตอร์ นโยบายคือเลี่ยงการประจันหน้ากับเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์และพยายามเดินทัพไปทางที่เปิดโล่งไปยังลอนดอน สภาตัดสินใจเดินทัพไปลอนดอนแต่มิได้พยายามเลี่ยงการต่อสู้ เพราะผู้นำทหารฝ่ายพระเจ้าชาลส์ต้องการจะประจันหน้าในการต่อนสู้กับเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ก่อนที่กองทัพของเอสเซ็กซ์จะแข็งตัวเพิ่มขึ้น นอกจากนั้นก็ยังมีสาเหตุมาจากความกระหายสงครามของทั้งสองฝ่ายซึ่งทำให้การตัดสินยิ่งยากยิ่งขึ้น ซึ่งเอ็ดเวิร์ด ไฮด์ เอิร์ลแห่งแคลเร็นดอนที่ 1 กล่าวว่า: “เป็นการถูกต้องในการตัดสินใจที่จะเดินทัพต่อไปยังลอนดอนเพราะเป็นที่แน่นอนว่าเอสเซ็กซ์จะต้องพยายามเข้าขัดขวาง”[11] กองทัพของพระเจ้าชาลส์จึงเริ่มเดินทัพไปยังลอนดอนเมื่อวันที่ 12 ตุลคมสองวันล่วงหน้ากองทัพของเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ โดยเดินทางไปทางตะวันออกเฉียงใต้ ซึ่งก็ได้ผลเพราะเป็นการบังคับให้เอสเซ็กซ์ต้องเคลื่อนทัพมาขัดขวาง[11]

สงครามอย่างเป็นทางการ (Pitched battle) เริ่มต่อสู้กันเป็นครั้งแรกในยุทธการเอ็ดจฮิลล์ เมื่อวันที่ 23 ตุลาคม ค.ศ. 1642 ครั้งนี้ไม่มีใครแพ้ใครชนะแต่ทั้งสองฝ่ายต่างก็อ้างตนว่าเป็นผู้ชนะ การปะทะกันครั้งที่สองเกิดขึ้นที่ยุทธการเทอแนมกรีน ครั้งนี้พระเจ้าชาลส์ทรงถูกบังคับให้ถอยไปยังเมืองออกซฟอร์ด ซึ่งกลายเป็นที่ตั้งมั่นของพระองค์จนสงครามยุติลง

ในปี ค.ศ. 1643 กองทัพฝ่ายกษัตริย์นิยมได้รับชัยชนะที่ยุทธการแอดวาลตันมัวร์ และได้อำนาจในการควบคุมบริเวณยอร์เชอร์เกือบทั้งหมด ทางมิดแลนด์สกองทัพฝ่ายรัฐสภานำโดยเซอร์จอห์น เจลล์ บารอนเน็ตที่ 1 เข้าล้อมและยึดเมืองลิชฟิลด์ (Lichfield) ได้ หลังจากการเสียชีวิตของผู้นำคนเดิม ลอร์ดบรุ้ค กองนี้ต่อมาสมทบกับเซอร์จอห์น เบรเรตันในการต่อสู้ในยุทธการฮอพตันฮีธที่ไม่มีผู้ใดแพ้ผู้ใดชนะเมื่อวันที่ 19 มีนาคม ค.ศ. 1643 ที่เอิร์ลแห่งนอร์ทแธมตันแม่ทัพฝ่ายกษัตริย์นิยมเสียชีวิต ต่อมาในการต่อสู้ทางตะวันตกฝ่ายกษัตริย์นิยมก็ได้รับชัยชนะในยุทธการแลนสดาวน์และยุทธการราวนด์เวย์ดาวน์ เจ้าชายรูเปิร์ตทรงยึดบริสตอล ในปีเดียวกันโอลิเวอร์ ครอมเวลล์ก็ก่อตั้งกองทหารม้า “Ironside” ซึ่งเป็นกองทหารที่มีระเบียบวินัย ซึ่งเป็นการแสดงให้เห็นถึงความสามารถในการเป็นผู้นำทางการทหารของครอมเวลล์ และเป็นการทำให้ไดัรับชัยชนะในยุทธการเกนสบะระห์ในเดือนกรกฎาคม

โดยทั่วไปแล้วครึ่งแรกของสงครามฝ่ายกษัตริย์นิยมเป็นฝ่ายได้เปรียบ จุดเปลี่ยนแปลงเกิดขึ้นเมื่อปลายฤดูร้อนและต้นฤดูใบไม้ร่วงของปี ค.ศ. 1643 เมื่อกองทัพของเอิร์ลแห่งเอสเซ็กซ์ได้รับชัยชนะในยุทธการนิวบรีครั้งที่ 1 เมื่อวันที่ 20 กันยายน ค.ศ. 1643 ที่ทำให้สามารถกลับเข้ากรุงลอนดอนได้ นอกจากนั้นทางฝ่ายรัฐสภาก็ยังได้รับชัยชนะในยุทธการวินซบีย์ทำให้มีอำนาจในการควบคุมลิงคอล์น ในการพยายามเพิ่มจำนวนทหารในการต่อสู้กับฝ่ายรัฐสภาพระเจ้าชาลส์ก็ทรงหันไปต่อรองการยุติสงครามในไอร์แลนด์เพื่อจะได้นำกำลังทหารกลับมาต่อสู้ในอังกฤษ ขณะที่ทางฝ่ายรัฐสภาไปหาทางตกลงกับสกอตแลนด์ในการขอความช่วยเหลือ

เมื่อได้รับความช่วยเหลือจากสกอตแลนด์ รัฐสภาก็ได้รับชัยชนะในยุทธการมารสตันมัวร์เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม ค.ศ. 1644 ซึ่งทำให้มีอำนาจควบคุมในบริเวณยอร์คและทางเหนือของอังกฤษ การเป็นผู้นำในการสู้รบของโอลิเวอร์ ครอมเวลล์ในยุทธการต่างๆ เป็นเครื่องแสดงให้เห็นถึงความสามารถของการเป็นทั้งผู้นำทั้งในทางการทหารและทางการเมือง แต่การพ่ายแพ้ของฝ่ายรัฐสภาที่ยุทธการลอสวิเธล (Battle of Lostwithiel) ในคอร์นวอลล์เป็นการพ่ายแพ้ที่ทางฝ่ายรัฐสภาได้รับความเสียหายอย่างหนักในการต่อสู้ทางตะวันตกเฉียงใต้ของอังกฤษ การประจันหน้าต่อมาที่ยุทธการนิวบรีครั้งที่ 2 เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม ค.ศ. 1644 แม้ว่าจะไม่มีผลแน่นอนทางการรณรงค์แต่ทางด้านการยุทธศาสตร์ฝ่ายรัฐสภาเป็นฝ่ายได้เปรียบ

ในปี ค.ศ. 1645 รัฐสภามุ่งมั่นที่จะต่อสู้จนกว่าสงครามจะยุติโดยพยายามปรับปรุงกองทัพโดยการผ่านกฤษฎีกาห้ามตนเอง (Self-denying Ordinance) ซึ่งเป็นกฤษฎีกาที่ระบุห้ามสมาชิกของรัฐสภาในการมีหน้าที่เป็นผู้นำทางการทหารและจัดระบบการทหารขึ้นใหม่ในรูปของกองทัพตัวแบบใหม่ภายใต้การนำของทอมัส แฟร์แฟ็กซ์ ลอร์ดแฟร์แฟ็กซ์แห่งคาเมรอนที่ 3 โดยมี โอลิเวอร์ ครอมเวลล์เป็นผู้ช่วยและเป็น Lieutenant General ของกองทหารม้า ในยุทธการเนสบีย์ เมื่อวันที่ 14 มิถุนายนและยุทธการแลงพอร์ตเมื่อวันที่ 10 กรกฎาคมฝ่ายรัฐสภาก็ได้รับชัยชนะอย่างเด็ดขาดต่อกองทัพของพระเจ้าชาลส์

พระเจ้าชาลส์ทรงพยายามที่จะรื้อฟื้นผู้สนับสนุนของพระองค์ในบริเวณมิดแลนด์ส และทรงเริ่มสร้างบริเวณสนับสนุนระหว่างออกซฟอร์ดและนิวอาร์คออนเทร้นต์ในน็อตติงแฮมพ์เชอร์ ทรงยึดเลสเตอร์ที่อยู่ระหว่างทั้งสองเมืองแต่ก็ไม่ได้ช่วยอะไรมากนัก เมื่อไม่ทรงมีโอกาสสร้างเสริมกำลังให้แข็งแกร่งขึ้น พระองค์ก็ทรงหันไปพึ่งกองทัพสกอตแลนด์ที่เซาท์เวลล์ในน็อตติงแฮมพ์เชอร์ ซึ่งเท่ากับเป็นการยุติสงครามกลางเมืองอังกฤษครั้งที่ 1

ทางฝ่ายที่สนับสนุนพระเจ้าชาลส์ก็มีความเชื่อว่าจุดประสงค์ในการต่อสู้ก็เพื่อเป็นการอนุรักษ์สถาบันรัฐบาลในสถาบันศาสนาและราชอาณาจักรตามที่เคยเป็นมา ส่วนฝ่ายรัฐสภาก็เชื่อว่าการจับอาวุธขึ้นก็เพื่อเป็นการทำให้เกิดความสมดุลของรัฐบาลในสถาบันศาสนาและราชอาณาจักรที่เกิดจากการใช้อำนาจในทางที่ผิดของพระเจ้าชาลส์และผู้เกี่ยวข้องในระหว่างสิบเอ็ดปีของสมัยการปกครองส่วนพระองค์ ทัศนคติของสมาชิกรัฐสภามีตั้งแต่ผู้สนับสนุนพระเจ้าชาลส์อย่างเต็มที่ไปจนถึงผู้มีความคิดเห็นรุนแรงที่ต้องการปฏิรูปเพื่อเสรีภาพทางศาสนา และผู้ที่ต้องการเปลี่ยนแปลงการกระจายอำนาจทางการเมืองระดับชาติ